馬自強，字體乾，同州人。嘉靖三十二年(1553)的進士。改任庶吉士，授職為檢討。隆慶年間，歷任洗馬，負責經筵。晉升為國子祭酒，整治學政，拒絕請托。提拔為少詹事兼侍讀學士，負責翰林院。
神宗做皇太子時出后宮，他擔任講官，陳述明白、深切，于是受到皇上器重。等到神宗登基，馬自強已經調任詹事，教導庶吉士，又提升為禮部右侍郎，擔當日講官。不久，以左侍郎身份負責詹事府，像以前一樣負責講授。遭逢繼母去世而歸鄉。服喪期滿，詔令他任原職協助負責詹事府。他到任后被升任吏部左侍郎，仍然負責經筵。才兩個月，朝廷推舉他任禮部尚書。皇帝派遣使者詢問張居正尚書是否可以兼任講官，張居正回答，事務繁多不得兼任。于是任用他為尚書，罷除日講，擔當經筵講官。
禮官所負責的事，皇族宗藩的事情最多，先后的條例自相矛盾，狡黠的官吏得以恣意為奸。馬自強選擇恰當的條例命僚吏遵守，諸項不適宜于執行的條例都予以摒棄。每當藩府的奏疏送到，他都及時裁決，在禮部門上張榜告示，公開表明可行與禁止，官吏無法牟利。龍虎山正一真人，在隆慶年間就被降為提點，剝奪了蓋有御印的詔書。到此時，張國祥請求恢復他原來的封號，馬自強扣壓了他的奏章。張國祥就大肆賄賂馮保，堅持請求恢復封號，馬自強極力主張不可以，最終還是因為御旨準許了。起初，俺答通貢互市，對他們有定額的賞賜，后來邊關大臣答應他們的請求，賞額逐漸增加。馬自強奏請申明舊約，亂自請求的數額不給，每年節省的費用不可估量。《世宗實錄》修撰成，他被加封太子少保。
萬歷六年(1578)三月，張居正準備回鄉安葬父親。思慮在鄉里休息的內閣大臣，高拱與自己有很深的嫌隙，殷士儋有內援，有可能乘隙復出，只有徐階年老容易結交，打算舉薦他代替自己。已經派遣使者報告了徐階，又思慮徐階為前輩，自己還朝，應位居其下，于是奏請增設內閣大臣。皇帝當即指令張居正推舉，于是根據人望推薦馬自強以及所厚愛的申時行。詔令加封馬自強為太子太保兼任文淵閣大學士，與申時行一起參與機要事務。馬自強起初因為救助吳中行、趙用賢與張居正相抵觸，自認不敢奢望，等到皇帝的命令下達，人們更加由此稱贊張居正。當時呂調陽、張四維先入內閣。呂調陽身體衰弱，多次臥病不出門，小事由張四維代替他擬旨，大事則派快馬到江陵報告張居正，聽從他的裁決。馬自強雖然正直，也不能有所作為，駐守職位罷了。
此后，張居正返回朝廷，呂調陽推辭政務，馬自強也患病去世。詔令贈封他為少保，謚號文莊，派遣行人護送他的靈柩回鄉。
關中人進內閣，從馬自強開始。此后薛國觀繼之入閣。整個明代終了，關中只此兩人入閣。
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