方從哲，字中涵，他的先祖是山東德清人。戶籍隸屬錦衣衛，家住京城。方從哲考取萬歷十一年(1583)的進士，授任庶吉士，多次遷官后升任國子監祭酒。請假在家休養，長期不出任官職，當時人們頗為稱道他恬靜雅正。大學士葉向高奏請任用他為禮部右侍郎，沒有答復。御旨起用他任吏部左侍郎。被給事中李成名彈劾，請求罷職，皇帝不同意。

　　萬歷四十一年(1613)，任命為禮部尚書兼東閣大學士，與吳道南一起受命。當時吳道南尚在官籍，葉向高任首輔，政事大多由葉向高裁決。葉向高離開京都，方從哲便獨自為相。奏請召回舊輔臣沈鯉，皇帝不同意。御史錢春彈劾他逢迎取悅皇上，方從哲請求罷職。皇帝下詔好言撫慰，挽留。不久，吳道南到來。遇上張差遭梃擊的事件發生，刑部以瘋癲為名將他藏匿在監獄中。王之肕搜取了情況，龐保、劉成等人的馬腳開始顯露。方從哲與吳道南斥責王之肕言語荒謬，皇帝采納了他們的意見。吳道南遭輿論的詆毀，多次請求辭職，后來因母親的喪事而回鄉。方從哲又單獨任宰相，馬上上奏請求推舉、補充內閣大臣。從此之后每月必定奏請。皇帝認為一個人足以勝任，終究沒有增添內閣大臣。

　　方從哲的性格柔弱、懦腐，不能勝任大事。當時東宮長期停止講授，瑞王的婚禮過期，惠王、桂王沒有選擇配偶，福府的莊田派宦官督促賦稅，又提議下令賣鹽，御旨指令呂貴監督織造，駙馬王籨因為救助劉光復被剝奪冠帶，山東興起盜賊，多次出現災變，言官翟鳳罛、郭尚賓因為直言勸諫貶職，皇帝派宦官傳令工部侍郎林如楚修繕咸安宮，宣府數月缺糧餉，方從哲都上奏極力勸諫，皇帝大都不聽。而方從哲有內援，為名譽而爭辯罷了，實際準備順從皇帝的意志，沒有匡正什么。

　　葉向高執政時，黨論鼎沸。言官與吏部相交結，指責清流派為東林黨，于是將他們全部驅逐。等到方從哲執政，言官中已經沒有正直之人，黨論漸漸平息。丁巳年(1616)的京察，將東林黨人全部貶斥，并波及隱居之人。齊楚浙三黨鼎立，著力搏擊清流派。齊人亓詩教，是方從哲的門生，勢力尤為囂張。

　　方從哲親昵群小，而皇帝懈怠，荒疏也更加厲害。京郊、山東、山西、河南、江西以及大江南北相繼報告災變，奏疏都沒下發。舊制，給事中五十多人，御史一百多人。此時，六科只有四個人，而五科的官印沒有歸屬；十三道只有五個人，一人負責幾職。在京城之外，巡撫一律不能代理。六部堂的上級高員僅四、五人，都御史數年空缺，督撫監司也多次空缺，沒有補充。文武大選、急選官以及四方的教職，累計數千人，因為吏、兵兩科缺掌印人而不簽憑證，長期滯留京都，時常攀附內閣的公車哀怨、訴說。詔獄的囚犯，因為沒有人負責刑部，不做判決遣送，家屬聚集在長安門號哭。職司各業全部廢弛，上下級分離，脫節。

　　萬歷四十六年(1618)四月，大清的軍隊攻克撫順，朝野震驚。皇帝起初很憂慮、懼怕，時時下達文書，不出幾個月就像原來一樣遲緩。方從哲的兒子方世鴻殺了人，巡城御史彈劾他。方從哲請求罷職，皇帝不同意。長星出現在東南方，長二丈，寬一尺多，過了十九天才消失。當天，京城發生地震。方從哲上奏稱“：妖象與怪征兆，層出迭見，除了我盡職，痛心修身、反省之外，希望陛下大振天綱，使天下更新。”朝廷人紛紛地譏笑他。皇帝也不做反省。御史熊化因為時事多艱、輔佐無效而彈劾方從哲，請求依災變的方策罷免他。方從哲懇求罷免自己的官職，堅持在家躺臥四十多天，內閣空虛無人。皇帝再三撫慰、挽留，他才起身處置事務。

　　第二年二月，楊鎬分四路出兵，兵科給事中趙興邦用紅旗督戰，官軍大敗。禮部主事夏嘉遇稱遼地事情的嚴重，由趙興邦與方從哲庇護李維翰所造成的，兩次上奏彈劾他們。方從哲請求罷職，不敢進入內閣，在朝房處理政務。皇帝下優詔懇留，才如常上班，而且反而提升趙興邦為太常少卿。不久，大清的軍隊接連攻克開原、鐵嶺。朝廷大臣在文華門跪拜上奏，請求立即批示、發放奏章，又在思善門等候圣旨，都沒有答復。于是，方從哲在仁德門叩首，跪著等候皇帝的答復，皇帝始終沒有答復。不久，奏請皇帝出宮，駕臨文華殿，召見群臣，當面商議戰守的策略，也沒有答復。他十次上奏請求補充內閣大臣，心情極度悲哀，皇帝才命令朝廷大臣推舉。等到推舉給皇上，又不任用。方從哲又接連奏請，才選用史繼偕、沈，奏疏仍然留在宮中，終萬歷皇帝之世沒有下達。御史張新詔彈劾方從哲的諸封奏疏，歸罪于君王，誑言騙人，祖宗二百多年的基業毀壞在方從哲的手中。御史蕭毅中、列蔚、周方鑒、楊春茂、王尊德、左光斗，山西的參政徐如翰也相繼上奏攻擊他。方從哲接連上奏表白自己，并請求罷免官職。皇帝都沒有理會。自從劉光復被投入監獄，方從哲數十次上奏相救。皇帝特例釋放他為平民，而用人與行政的諸件奏章始終沒有下發。皇帝患病幾個月。遇上皇后逝世，方從哲剛剛哭完，就奏請到皇帝龍床前侍候。皇帝在弘德殿召見他，他跪著訴說了很久，于是奏請補充內閣大臣，任用大臣，下發諫書、命令。皇帝同意了，他才叩頭出門。皇帝一向厭惡言官。在此之前的考選后任職、授命的人，都要候職二、三年。等到這時候，等待再次任職的人則要四年。方從哲幾十次上奏想請求任命這些人最終沒有下發。皇帝自認為天下平安，官吏不必完備，有意減少他們。等到遼左的兵事興起，又不想矯正以前的過失，照舊施行。方從哲單獨執政，最終沒有什么匡扶、救助。又任用姚宗文到了遼東察看，將經略熊廷弼傾軋離去，于是丟失了遼陽。論事者稱明朝的滅亡，實際上由神宗釀成，而方從哲是罪魁禍首。

　　萬歷四十八年(1620)七月二十九日，皇帝不舒適，十七天后漸漸加重。外廷憂慮，方從哲與九卿臺諫到思善門問安。過了兩天，皇帝召見方從哲和尚書周嘉謨、李汝華、黃嘉善、黃克纘等人接受遺命。又過了兩天，皇帝才逝世。

　　八月二十八日，光宗繼位。鄭貴妃因為以前福王的緣故，怕皇帝懷恨她，呈送珠玉以及八名侍姬利誘皇帝。所選送的侍姬李氏最受皇帝寵愛，于是貴妃請求立選侍為皇后，選侍也替貴妃請求冊封太后。皇帝已經在乙卯(九月六日)患病，丁巳(九月八日)病重，命令方從哲冊封貴妃為皇太后，方從哲趕緊命令禮部。侍郎孫如游極力爭辯，此事才終止。辛酉(九月十二日)，皇帝不朝見，方從哲與朝廷大臣到宮門前問安。當時京城紛紛傳說宦官崔文升進呈泄藥，皇帝因此萎靡，而且皇帝的圣諭中有“頭目眩暈，身體軟弱，不能動腳”的話，眾人的情緒更加疑惑、驚駭。給事中楊漣彈劾崔文升并波及方從哲。刑部主事孫朝肅、徐儀世，御史鄭宗周一起呈書方從哲，請求保護圣體，迅速建立皇儲。方從哲向皇帝問安，于是勸諫皇帝慎重吃藥。皇帝褒揚并答應了他。戊辰(九月十九日)，新任內閣大臣劉一火景、韓火廣上任，皇帝的病情已經很危險。辛未(九月二十日)，皇帝召喚方從哲、劉一火景、韓火廣，英國公張惟賢，吏部尚書周嘉謨，戶部尚書李汝華，禮部侍郎署理部中事務的孫如游，刑部尚書黃克纘，左都御史張問達，給事中范濟世、楊漣，御史顧忄造等人到乾清宮。皇帝駕御東暖閣靠著茶幾，皇長子、皇五子等人都侍從在旁。皇帝命令諸位大臣上前，方從哲等人便奏請皇帝慎重就醫、服藥。皇帝說“：十多天沒有吃了。”于是下諭冊封選侍為皇貴妃。甲戌(九月二十五日)，又召見諸位大臣，告諭冊封的事。方從哲等人奏請迅速冊立皇儲。皇帝看著皇長子說：“你們輔佐他成為堯、舜。”又談及壽宮，方從哲等人以先帝的山陵作答。皇帝指著自己說：“我的壽宮。”諸位大臣都哭泣了。皇帝又問“：有位鴻臚官敬呈藥物，他在哪里？”方從哲回答“：鴻臚寺丞李可灼自稱有仙方，我們不敢相信。”皇帝命令召李可灼來，催促他調配藥物奉獻給皇帝，即所謂的紅丸。皇帝服完一再稱他為“忠臣”。諸位大臣退出恭候在宮門外。宦官傳告皇上身體平安。將近下午三至五時，李可灼出來，稱又呈送了一粒紅丸。方從哲等人詢問狀況，他回答：“像先前一樣平安。”第二天即九月二十六日卯時(上午五至七時)，皇帝逝世。朝廷內外都恨李可灼，而方從哲擬遺旨卻賞賜李可灼銀幣。當時李選侍居住在乾清宮，群臣進去哭訴，諸宦官緊閉宮門不允許進去。劉一火景、楊漣極力譏諷他們，才得以依禮面對皇帝哭泣，擁著皇長子出來，住進慈慶宮。方從哲只是周旋而已。

　　起初，鄭貴妃住在乾清宮侍候神宗的病體，光宗登基后她仍然沒有遷移。尚書周嘉謨責備貴妃的從子鄭養性，于是她遷居慈寧宮。等到光宗逝世，而李選侍住在乾清宮。給事中楊漣和御史左光斗思慮選侍曾經要求冊封為后，不可以讓她居住乾清宮，以防沖撞了皇帝的囑托。因此商議遷移宮殿，爭辯幾天不能決定。方從哲想慢慢處理。新皇帝登基的前一天，劉一火景、韓火廣邀約方從哲到宮門奏請，選侍才移居噦鸞宮。第二天庚辰，熹宗登基。

　　在此之前，御史王安舜彈劾方從哲輕率地推薦瘋癲的醫生，又獎賞他以掩飾自己。方從哲草擬太子的指令，罰李可灼一年的俸祿。御史鄭宗周彈劾崔文升的罪行，請交給法司，方從哲擬令由司禮察處。等到御史郭如楚、馮三元、焦源溥，給事中魏應嘉，太常卿曹王光，光祿少卿高攀龍，主事呂維祺，先后上奏說“：李可灼的罪行誅之難泄其憤，方從哲卻庇護他，國法何在？”而且給事中惠世揚徑直檢舉方從哲的十條罪狀、三條可殺的理由。上奏稱：“方從哲獨任七年宰相，妨礙賢良禍害國家，為第一條罪狀。驕橫愚鈍，沒有禮節，在皇帝去世處理事務時出現失誤，為第二條罪狀。在太子宮中發生梃擊案，庇護奸黨，為第三條罪狀。隨心所欲，破壞皇帝的詔書，為第四條罪狀，縱容兒子殺人，蔑視法令、典章，為第五條罪狀。阻撓、抑制言官，堵塞皇帝的耳目，為第六罪狀。丟失城池違反法令，寬縱撫臣，為第七條罪狀。馬上督戰，全軍覆沒，為第八條罪狀。徇私騙上，使輔臣蒙羞，為第九條罪狀。代征專賣稅，侵蝕國家，殃及百姓，為第十條罪狀。貴妃請求封為皇后，舉朝極力爭辯，方從哲模棱兩可，為第一件該殺的事。李選侍是鄭氏親近的人，凌辱圣母，致使圣母飲恨而死。方從哲接受了劉遜、李進忠所盜取的美珠，想封選侍為貴妃，又聽任她長期居住乾清宮，為第二件該殺的事。崔文升用泄藥傷害先帝的身體，諸位大臣議論此事，方從哲想逃脫罪責，李可灼奉獻毒藥，方從哲還擬作賞賜，為第三件該殺的事。”奏疏呈入，皇帝責備惠世揚輕率地詆毀人。方從哲多次請求離去，皇帝都撫慰挽留。不久，張潑、袁化中、王允成等人接連彈劾他，皇帝仍不聽。當年冬天，給事中程注又彈劾他，皇帝仍不聽。方從哲極力請求離去，六次上奏，皇帝任命他為中極殿大學士，賞賜銀幣、蟒衣，派遣行人護送他回鄉。

　　天啟二年(1622)四月，禮部尚書孫慎行追究李可灼奉獻紅丸的事，斥責方從哲為謀害君王的逆賊。詔令朝廷大臣商議。都御史鄒元標贊同孫慎行的奏疏。方從哲上奏辯解，自己請求削奪官階，發配到邊遠的地方，皇帝下諭安慰他。給事中魏大中因為九卿的提議長期拖延，上奏催促。朝廷大臣大都贊同孫慎行給方從哲定的罪名，只有刑部尚書黃克纘，御史王志道、徐景濂，給事中汪慶百般偏袒方從哲，而詹事公鼐持中立態度。當時大學士韓火廣陳述呈送藥的前后經過，替方從哲解脫。因此吏部尚書張問達與戶部尚書汪應蛟聯合上奏稱：“呈送藥的前后經過，我們一起耳聞目睹。輔臣探視皇帝的病，情形急迫、倉促，怎么忍心說‘弒逆’二字？但是李可灼不是醫官，而且也不是知脈懂醫道的人。用藥做嘗試，先帝就去世了。方從哲與我們九卿未能制止，都有罪，反而賞賜李可灼。等到御史王安舜上奏，只令他以養病而離去，處罰太輕，怎么告慰先帝，讓朝廷內外心服。應該像方從哲的請求，削奪他的官階，依法追究。至于李可灼的罪行不勝誅殺，而崔文升在先帝不幸感染傷寒的時候，呈送大黃涼藥，罪行又在李可灼之上，依法都應該處決示眾，以泄公憤。”奏議呈上，李可灼被遣送去戍邊，崔文升貶至南京，而方從哲沒有治罪。不久，孫慎行稱病離去。天啟五年(1625)魏忠順輯錄“梃擊”、“紅丸”、“移宮”三件事編成《三朝要典》以傾軋正直的人，于是免去了李可灼的戍邊之罰，任命崔文升督導漕運。他的黨羽徐大化請求啟用方從哲，方從哲不出仕。然而一時間請求誅殺方從哲的人被貶官、殺戮幾乎殆盡。

　　崇禎元年(1628)二月，方從哲去世。贈封太傅，謚號文端。三月將崔文升投入監獄，戍守南京。

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