九年，命他和宋禮一同治理會通河，又同徐亨、蔣廷瓚疏浚魚王口黃河故道。當初，太祖在梁、晉之間用兵，派大將軍徐達挖開塌場口，把黃河通到泗水；又掘開濟寧以西的耐牢坡，引曹州、鄆城地區的黃河水，以開通中原的運輸通道。后來故道漸漸淤塞，至此金純來疏浚治理它。他從開封之北引水到鄆城，進入塌場，出谷亭以北十里，在這里設永通、廣運兩座閘門。
十四年(1416)，他改任禮部左侍郎。過了兩個月，他升為尚書。十五年他隨從皇上巡視北京。十九年，他同給事中葛紹祖巡撫四川。仁宗即位后，他改為工部尚書。幾個月后，又改為刑部尚書。第二年他兼任太子賓客。
宣德三年(1428)，金純有病，皇上派醫生給他看病。病情有好轉后，皇上免予他朝參，讓他能養病治事。當時正暑熱，皇上敕令法司審理積壓的案件。金純多次與朝中顯貴飲酒，被言官彈劾。皇上怒道：“金純因病不朝見，卻私下燕飲，這能行嗎？”命令將他關進錦衣衛監獄。后來又念金純是老臣，放了他，降為太子賓客。八月，準予他退休而去。
金純在刑部時，仁宗曾諭告他說：“法司近來專好羅織罪名，提意見的人常被指責為誹謗而得罪，這很沒意思。自今以后，告誹謗的不要論罪。”金純也力求寬大，常告誡屬官不得亂拷打犯人。所以金純當權時期，沒有死于獄中的人。他于正統五年(1440)去世。贈山陽伯。
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