燕王起兵后，朱能與張玉謀劃殺死張籨、謝貴，奪取九門。朱能被授為指揮同知。他率軍拔薊州，殺馬宣，下遵化。又隨軍破雄縣，戰月漾橋，捉拿楊松、潘忠，在莫阝州降服其部眾。長驅直入真定，大敗耿炳文軍。朱能獨自與三十名騎兵敢死隊追奔至滹沱河，躍馬大呼沖向南軍。南軍數萬人望風披靡，被踩死者甚多，三千人投降。成祖親自寫信慰勞朱能，并進升他為都指揮僉事。朱能隨軍支援永平，趕走吳高，攻克大寧。返回后，統領左軍。在鄭村壩打敗李景隆。又隨軍進攻廣昌、蔚州、大同，戰于白溝河，朱能為前鋒，再敗平安軍。進攻濟南，駐扎鏵山。南軍居高列陣，朱能以奇兵繞到其后，擊敗之，降服萬余人。又隨攻滄州，斬殺萬余人。
東昌之戰，成祖陷入盛庸、鐵鉉軍的重重包圍之中，張玉戰死。情況十分危急，朱能率周長等殊死作戰，幫助成祖突圍而出。又隨軍戰于夾河，譚淵戰死，燕軍受挫。朱能趕到，再戰再捷，使燕軍重新振作起來。又與平安戰于藁城，擊敗之，追奔至真定，奪取彰德、定州，攻破西水寨。朱能率輕騎千人奪取衡水，俘獲指揮賈榮，攻克東阿、東平，盡克汶上諸寨。
不久，王真在氵肥河戰死，燕軍屢屢戰敗，諸將建議回師。唯獨朱能按劍說道：“漢高祖開始十戰九敗，最終卻獲得了天下。而今舉兵連連得勝，遇上小挫動輒就歸，豈能因此而北面事人耶？”成祖也大聲呵斥諸將說“：你們想怎么辦都行。”諸將遂不再敢言。于是引兵往南，擊敗平安的銀牌軍。都督陳暉來援，又敗之。然后擊敗靈璧軍隊，擒獲平安等，降服十萬人。朱能累升至右軍都督僉事。又進克泗州，渡過淮河，擊敗盛庸軍。然后拔盱眙，下揚州，渡長江，入金川門。
九月初四日，論功時，朱能僅次于丘福，被授為奉天靖難推誠宣力武臣、特進榮祿大夫、右柱國、左軍都督府左都督，封為成國公，食祿二千二百石，并被授予世襲憑證。永樂二年(1404)，朱能兼任太子太傅，加祿一千石。四年七月，皇上下詔命朱能佩征夷將軍印，西平侯沐晟為左副將軍，由廣西、云南分道征討安南，皇上親自送到龍江。十月，朱能行至龍州，死于軍中。年僅三十七歲。
朱能在諸將中年紀最輕，十分善戰，張玉則善于謀略，皇上將他倆當作左右手。張玉死后，關于軍中進退之事全都找朱能商量。朱能身高八尺，雄毅豁達，孝敬友愛。雖位列上公，卻不曾因富貴而放縱自己。他善于安撫士卒，他死的時候，將校們都為之悲痛流淚。皇上將他賜葬于昌平，追封為東平王，謚號武烈。洪熙時，朱能配享成祖廟庭。
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