元用開始任鎮(zhèn)江路儒學(xué)正，期滿考核合格，游于京師。翰林承旨閻復(fù)，對于各地來的士子很少有稱贊的，見到元用，將他所寫的文章給元用看，元用立即指出其中的毛病，復(fù)認(rèn)為元用是個(gè)奇才，薦為翰林國史院編修官。元用認(rèn)為國史院的官員都才不稱職，請于測試后錄優(yōu)任用。御史臺聘他為屬官，元用不曾學(xué)過如何辦理公務(wù)，但對一些事情卻能有明確的判斷，御史臺的屬吏們反而要向他請教。轉(zhuǎn)為中書省右司的屬員，與清河的元明善、濟(jì)南的張養(yǎng)浩，并稱為“三俊”。后授任應(yīng)奉翰林文字，又轉(zhuǎn)任禮部主事。在當(dāng)時(shí)歷朝皇后死后，還是稱其名，沒有謚號，元用認(rèn)為：“后為天下之母，豈可直接稱其名，應(yīng)加上美好的稱號，以發(fā)揚(yáng)其美德。”改任尚書省右司都事，轉(zhuǎn)為員外郎。廢除尚書省后，他退居任城，在那里住很久，齊、魯間士人向他求學(xué)的甚多。
延六年(1319)，授太常禮儀院經(jīng)歷，建議太子英宗親自參加祭祀之事，精心于禮樂。英宗親自主持祭祀的禮節(jié)、儀仗隊(duì)、車馬、服裝等制度，都是他裁定的。原來太廟九代皇帝的靈位分室供奉，但都在一殿之內(nèi)祭祀。仁宗崩，殿內(nèi)也無室可以供奉了，便在武宗室之前接了一間供奉。英宗上京召集禮官討論此事。元用認(rèn)為，應(yīng)該建大殿于原殿之前，內(nèi)設(shè)十五室。帝認(rèn)為此議甚好。授元用為翰林待制，升直學(xué)士。
至治三年(1323)八月，發(fā)生鐵失刺殺英宗的事變，賊黨赤斤鐵木兒突然來到京師，收繳各衙門大印，召兩院學(xué)士北上。元用一人未去，并聲稱：“此非常之變，我寧死也不能屈服。”不久，這次政變以失敗告終，人們都說元用有先見之明。
泰定二年(1325)，授元用為太子贊善，后轉(zhuǎn)為禮部尚書，兼經(jīng)筵官，又任大朝會的糾儀官，在退朝時(shí)號令循序而退，無奪門而出的事情發(fā)生。他認(rèn)為太醫(yī)、儀鳳、教坊等官，不應(yīng)列入正班，應(yīng)自成一列。這些建議均被采納。丞相擬廢除科舉制，元用反對：“國家文治正要用此制度，怎么能廢！”有人提出對太廟的祭祀由四季減為冬季，元用認(rèn)為，太廟四時(shí)祭祀，缺一不可，這是禮經(jīng)中規(guī)定的，豈可為減少耗費(fèi)而廢應(yīng)行之禮！
泰定三年夏，發(fā)生日食、地震、星變，皇帝詔令廷臣商議消災(zāi)之策，元用提出：避免天災(zāi)的辦法，是不講空話，但務(wù)實(shí)際，也就是實(shí)行德政。具體說就是：節(jié)省一切不應(yīng)開支的費(fèi)用，選拔賢能者為各地守令，撫恤貧民，祭祀天地，禁止佛事，停止不必須的制作以減輕人民負(fù)擔(dān)，慎重地實(shí)行賞罰以鼓勵和懲罰士民。這些意見都切合實(shí)際，清除當(dāng)時(shí)政治中的弊端。他還論及科舉取士之法，認(rèn)為應(yīng)當(dāng)革除冒名頂替，嚴(yán)格進(jìn)行考核，使得有真才實(shí)學(xué)的人得到任用。這些意見朝廷都予以肯定。拜為中奉大夫、翰林侍講學(xué)士兼經(jīng)筵官，參與修纂仁宗、英宗兩朝實(shí)錄。又奉旨纂集甲令為《通制》，把唐《貞觀政要》譯為蒙古語言。這些書編成后都流行于世。凡朝廷的文告和命令，都是元用起草的。文宗時(shí)他起草寬恤之詔，受到皇帝的稱贊，賜金織紋錦。
天歷二年(1329)，代表皇帝到曲阜孔子廟舉行祭祀，回來獻(xiàn)上孔子像及所撰的代祀記，文宗非常高興。當(dāng)時(shí)太禧宗院副使缺員，中書奏薦元用充任，文宗不準(zhǔn)，說“此人是翰林中所不可無者，將來有大用”。不幸去世，文宗哀悼不已，對侍臣說：“曹子貞盡忠盡力，不幸今亡，可賜安葬費(fèi)五千緡。”贈正奉大夫、江浙行中書省參知政事、護(hù)軍，追封東平郡公，謚“文獻(xiàn)”。有詩文四十卷，題為《超然集》。
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