宋寧宗即位之際，朱熹命黃干奉表上奏，補任將仕郎，銓選中后，授予迪功郎，監察臺州酒務。服母喪期間，很多學者跟隨他一起講學于他母親的墓旁。朱熹修建竹林精舍成后，寫信給黃干，其中有“將來適當的時候便可請黃直卿代他擔任講席”的話。到編《禮書》的時候，獨以《喪》、《祭》二編囑咐黃干編寫，書稿寫成以后，朱熹看后高興地說：“所定立的規模次第，縝密而有條理，它日當取所編寫的家鄉、邦國、王朝禮，全部仿照這個來更改定稿。”病重之際，朱熹把制服及所寫的書授給黃干，手書訣別語說：“我的學術思想就托付在這里，我沒有遺憾了。”聽到訃告，黃干在心中悼念老師三年后，調任嘉興府石門酒庫監察。
當時韓胄剛打算用兵北伐，吳獵被召令赴荊湖北路任將帥，將要赴任之前，以兵事訪問黃干，黃干說“：聽到人們議論說，現在天下想實施大舉深入北伐的打算，果然這樣做的話，一定失敗。這樣什么時候可以進取呢？”吳獵很敬重黃干的名義德行，請他擔任荊湖北路安撫司激賞酒庫兼準備差遣，事有未當之處，一定心懷忠心，努力力爭。
江西提舉常平趙希懌、知撫州高商老舉薦他擔任臨川縣令，當年天旱，他勸糶捕蝗極其用力。改任新淦知縣，官吏百姓都知道他在臨川的政績，都高興，不出令而政教行。因提舉常平、郡太守推薦，擢升任監尚書六部門，沒有上任，改差任安豐軍通判。淮西帥司邀請黃干審訊和州獄事，獄事故意存疑而沒有判決，黃干釋放了囚犯的桎梏而給他飲食，委婉審問，沒有所得。一天晚上，夢見井中有人，第二天召捕囚犯審訊他說：“你殺了人，投之于井中，我都知道了，你不要來欺騙我。”囚犯于是驚服，果然在廢井底中尋到了尸體。
黃干不久擔任漢陽軍知軍。正值那年歉收，買進外地的糧米，開常平倉以賑濟。制置司下令，想移本軍的粟米而禁止他們買入外地的糧食，黃干回答說請待黃干被罷職后再這樣施行，到援引鄂州的先例，十分之一告糴于制司。荒政都施行得很有條理。其他附近州縣的饑民都集中到漢陽軍來，他同樣優撫惠顧，到春暖花開的季節愿意回歸的人送給他糧食，不愿意回去的人可做茅屋居住下來，民眾因此感到很高興。黃干所到之地重視興辦學校，優先教化。在漢陽軍任職時，即在郡邑治所鳳棲山修建學校，立館收教四方之學士，修立周敦頤、程頤、游酢、朱熹四先生的祠廟。因病請求祠官，主管武夷沖佑觀。
不久，黃干起任為安慶府知府，到任的時候，金人攻破光山縣，而沿邊地區多有敵兵入侵之報警。安慶離光山縣不遠，民眾的情緒因此震驚、恐懼。于是請求朝廷，修筑安慶城池以備戰守，沒有等到回答，即日動工興建。城分十二料，先自筑一料，計算其工費若干，然后委任官吏、寓公、士人分料主持承擔。集役民兵五千人，每人役作九十天，而按照人戶的產錢攤派承擔丁役負擔，通役二萬人，每人服役十天。承擔勞役的人輪流進行，暑月天熱每月休息六天，每天中午休息一個時辰，到秋天就減少一半休息的時間。黃干每天五更鼓響的時候就上衙署坐堂，負責城壕的官吏至此聽他的命令，按照一天的成算授給他們：某鄉民若干為役，某鄉人夫若干為役，分布給某人的料分，或搬運某處土木，應完成某料的使用；某料民兵、人夫應當更換一批，應給他們幾天的錢米。都授命完畢，乃治理府事，受理民事訴訟，接待賓客，檢閱士卒，會見僚屬佐吏講究邊防利病，然后巡視城邑檢查修城之役夫情況，晚上到書院講論經典史籍。筑城用的杵，用錢監沒有鑄造的鐵，事畢之后就歸還倉庫。城池完工的時候，恰逢上元日張燈，士民扶老攜幼，往來不斷。有一上百歲的老婆婆，二個兒子抬著她，許多孫子跟隨她，到府衙致謝。黃干用禮儀接待她，命擺酒招待她，又用金帛酬勞她。老婆婆說“：老婦之來致謝，是為了一郡的生靈百姓來感謝知府，知府的賞賜并不是我所希望的。”沒有接受就離開了。這一年天大旱，黃干祈禱立刻下雨，未下，早晨就登臨郡城的樓閣，望飅山再拜，雨就下下來了。后二年，金人攻破黃州沙窩各個關隘，淮東、淮西都因此震驚，唯獨安慶憑依城墻之險如故，泰然自若。接著下了一個多月的大雨，巨大的洪暴席卷而來，城邑屹然無慮。舒地一帶的人都以為他德高望重，相互稱道他說：“沒有受到金寇的殘暴擄掠，沒有淹沒于滔滔的洪水，挽救了我們的生命的人是黃父母官。”
制置使李玨召黃干擔任參議官，再次推辭沒有接受。接著朝廷命他與徐僑兩次改易和州任官，又令他先赴制府稟告議論，黃干即日解印卸任急赴制府。和州民眾每天盼望他來上任，說：“就是曾經被邀到我郡審問死囚、感夢于井中有尸的那個人，大概能為我們伸張冤屈了。”
先前，黃干寫信給李玨說：“丞相誅殺韓世忠之后，為了防止意外的變故，專門使用左右親信之人，往往得罪于天下的公議。世之君子于是從而歸咎于丞相，丞相經不住其指責，斷然驅逐而去，而左右親信的小人辦事更專斷了。平常無事情，法紀綱常紊亂，不過州縣之間，百姓受禍。至于軍政不修，邊地軍備廢弛，都是這些人所造成的，假若現在大兵壓境，還不改革圖強，就會大勢已去。現在的急務，沒有什么比這個更大了？”又說“：現在的決策，沒有什么比得上用兩淮的民眾，吃兩淮的粟米，守兩淮的地方。然而其治策當先明了保伍，保伍明了，就為之建立堡寨，養蓄馬匹，制造軍器以資助其用途，不過幾個月時間，軍政即可成功。而且兩淮的民眾遭受丙寅年之禍危以后，現在聽說金人遷徙汴京，沒有誰不驚慌失措，有的有拋棄土地、房屋、攜妻帶子渡過長江的打算，其中也有些勇敢者，又打算伺機而發動叛亂。過去胡海、張軍的變亂，其危害勝過了金兵，今天如果不早些為之打算，那么兩淮就會一天天地更見荒涼，以致成為廢墟，最后一旦遇有緊急情況，就會振臂激奮而起，生亂子。”李玨都不能夠接受采用他的意見。
黃干到任制府，李玨往惟揚視察軍隊情況，黃干與他一起同行。黃干說：“敵人既已被打退，應當考慮獎賞那些有功的，懲罰有罪的人，崔惟揚能于清平山預先設置義寨，如斷金人的右臂，方儀真能措置捍御，不致使軍民倉惶奔逃，這兩個人應當受到舉薦。泗上之戰大敗，應該斬殺劉倬。某州官吏三人攜家奔逃，應當追究治罪，然后上奏朝廷即行了。”這個時候，幕府書館都是輕薄浮躁空虛的士大夫，官僚小吏士民有出謀劃策獻計的人，大多受到他們的毀謗抹殺，疏議反駁。將帥偏補，人心不附和，所做的不能建立功業。流民移徙的滿布道路，而各機構衙署張羅宴會的沒有哪一天空閑過。黃干知道不能與這樣的人共事，就從惟揚而歸，又辭掉和州知州的任命，仍然請求祠官，閉門謝客，從不參加宴會、舞樂。于是，又告訴李玨說：
“浮光之戰退敵已有兩個月，在安豐退敵已有一個月，盱眙也近二十天了，不知我所措置的是怎么一回事，我所施行的是什么防邊之策？而邊備松弛，又比以前更厲害了，日復一日，還滿不在乎地不知道害怕，恐怕這個禍害又不只是今年春天了。
“過去，你輕信別人的話，進行泗水之役，喪失了軍隊上萬人。優良的將帥，勇敢的士兵，精銳的軍隊，銳利的武器，不戰而淪敗于泗水，黃團的老幼男女，被俘虜而殺戮的五六千人，盱眙東西幾百里，一下子變為廢墟。安豐、浮光的事情，大概與這差不多。我的意思是，不論怎么說，一定須痛切地引咎自責，出宿于外，大戒于國，說：‘這是我的罪過，若有能夠指出我的過失的，請速入諫。’每天與僚屬及四方的賢士大夫討論策畫，以為后來打算。今回來有五天了，只是聽說請總領、運使到玉麟堂欣賞牡丹，召用歌妓宴樂，又聽說總領、運使宴賞也是一樣的，只聽說宴請僚屬也是一樣的。國人、將士聽到這些，難道不痛心憤恨嗎？況且，欣賞看到牡丹之紅艷，難道不思慮邊庭之流血；聽到管弦的啁啾之聲，難道不思考百姓老幼的哀號；看到樓房棟宇的富麗堂皇，難道不思慮士兵暴露于野的身影；看到飲食菜肴那樣豐美，難道就不思慮流亡的民眾忍饑挨凍的情形？敵國深入內侵，國內騷動不安，皇上食不甘味，聽朝理政不快樂；大臣憂慮擔心，不知良策所出。尚書難道就不早晚憂懼，而總是像這樣輕松自如，無所事事嗎？
“現在，金兵報浮光之仇的情形又快出現了，他們想以十六縣的人眾，于四月攻掠浮光，侵奪五關，暫且以一縣有五千人參加，就應當有八萬人來攻打浮光了，以一萬人來割我們的麥子，以五萬人來攻奪我們的關隘。我們守關的不過五六百人，豈能夠抵擋萬人之眾呢？那么，關隘不可以防守是肯定的了。五關失守以后，那么蘄州、黃州決不可能保住；蘄州、黃州不能保住，那么，江南就危險了。尚書聽到這個話已有幾天，然而沒有聽說有什么施行的對策，不知為什么？”
其他的話，言辭都很激動，切中要害，李玨的同黨、幕僚都很忌妒他，共同詆毀、排斥他。這以后，光州、黃州、蘄州相繼失陷，果然像他所預料的那樣。于是力求辭職而去，不斷地請求祠官。
不久，黃干又一次被任命為安慶府知府，沒有就職，到廬山拜訪他的朋友李燔、陳宓，相與盤旋玉淵、三峽之間，俯仰拜謁老師到過的舊跡，宣講《乾》、《坤》二卦于白鹿書院，廬山南北的士大夫們都會集于此。不久，被召赴朝廷上書奏事，任命為大理寺丞，沒有接受任命，被御史大夫李楠所彈劾。
起初，黃干在荊湖北路幕府任職，奔走于各地關隘，與江、淮各地的豪杰交往，而豪杰往往愿意依附黃干。等到輔佐治理安豐、武安，諸將都誠心歸附于他。后來輔佐治理建康，主管漢陽軍，其名聲日益顯著。各位豪杰又深知黃干倜儻有謀略，來到安慶時，又兼任制置幕僚，長淮各地軍民之心，全部一心傾向于他。這樣的風聲一傳出，在權位上的人更加妒忌他，又擔心黃干入見皇上時，一定直言相告邊防的事情，以使皇上的心意感悟，至此，眾多僚臣一起排擠他。
黃干于是回歸鄉里，學生日益增加，巴蜀、江浙、荊湖之士都有來投他的，編輯禮儀，著寫書籍，每天沒有閑暇，晚上與他們講論經典，論說理義，勤勉不倦，借鄰寺為住地，朝夕往來，質疑問難請求教益像朱熹講學的時候一樣。不久，任命他擔任潮州知州，推辭沒有赴任，差遣主管亳州明道宮，過了一個多月就請求辭官歸居，詔令同意，特地授予他職為承議郎。死了幾年以后，因為門人請求賜謚，又特地贈賜他為朝奉郎，給與他一個兒子為下州文學職，賜謚“文肅”。著作有《經解》、《文集》流行于世。
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