柴中行調任江州學教授，母親去世除去喪服后，他被廣西轉運司召用為干官，統帥要薦舉他，派自己的門客試探柴中行，柴中行嚴肅地說：“身為大帥，而稱別人為恩主、恩相，我感到這很可恥。不要玷污我！”他負責昭州政事，免去丁錢，減少苗斛，賑濟貧困。轉運司委托柴中行去巡視屬郡民情，他由桂林屬縣經柳、象、賓州進入邕管，詢問百姓的疾苦，先處理各種事情而后匯報，除去鹽息使遠地百姓受惠。嘉定初年，柴中行被差遣為主管尚書吏部架閣文字，升為太學正，博士。百官輪次奏事，他首先論說君主的威嚴被侵奪那么國勢就輕；其次論說士大夫寡廉恥、少骨氣，應該培養天下剛毅果敢的風氣；最后論說權臣當政，包庇成風，現在舊習仍在，應采用先朝嚴懲贓吏的法令。他認為太學是風教的先鋒，童子科復試胄子舍選，有恃勢營私的，柴中行向長官提出，守法無私。他升為太常主簿，轉為軍器監丞。
柴中行出朝任光州知州，他嚴格保伍法，精練兵卒，增辟屯田，城壕營寨、器械糧草，全都齊備，治理政務的成績是淮右之首。又逐條規定離邊境最近、離邊境稍近的地方，有緊急事應上奏朝廷，大概說：“邊防兵應像蛇一樣，首尾相應。草寇合兵進犯，那么鄰道來救援，草寇分兵襲擊，那么鄰郡來救援。援兵多，雖危險但不會失敗。”又說：“淮、襄的土豪丁壯，過去用兵時，對那些傾財效力的人，朝廷沒守信用，不給以賞賜，應該立即加以補救，也可以使他們情緒激昂，為國效死力。”
柴中行升為西京轉運使兼提點刑獄。他認為襄陽是自古以來必爭之地，守備尤其應該周密。當時任邊帥的人政令煩苛，日夜同老百姓爭利，柴中行規勸他們，他們不聽。當時天大旱，柴中行除去全部酒稅，指斥征稅官，給酷吏處以黥刑，隨后就下雨了。官府收取鹽鈔贏余過重，賦稅日益增多，商人不愿意經營，官府收入日益減少，鹽鈔日益滯積。柴中行在交通要道出告示，表示鹽稅一錢不增，商人又集中在這里。柴中行改任直秘閣、襄陽知府兼京西統帥，仍任轉運使。江陵戎司移駐到襄州，兵政久已松弛。柴中行向朝廷匯報，考核軍隊虛實，舊額有軍人二萬二千，現存的才半數，立即招補缺額。從此朝廷把節制的權力歸到帥司。強烈彈劾李珙的不法以懲戒貪官，闡明扈再興有功以勉勵宿將，上關朝廷，下關將帥。
柴中行升為江東轉運司判官，不久改為湖南提點刑獄。豪強家習于殺人，或者收養亡命之徒，橫行江湖，柴中行把他們都繩之以法。華亭縣令貪虐，執法的吏人交相推薦他，柴中行笑著說：“這是想阻止我按規定處理他呀。”最終還是處治了他。柴中行入京為吏部郎官。因為他立志要啟迪君心，上奏說喜歡升官、茍同、欺罔，是士大夫風俗的三個弊病。選擇曹官的法則被破壞，官吏互相攀援為奸，柴中行遇事都持平公正，不為權勢所屈服，因此選官公平。
柴中行被提升為宗正少卿。他上疏說“：陛下剛秉政就把剛德定為治國的根本，改變風俗就用剛德除去權奸，如今可以垂衣拱手，無為而治。但是剛德實在是人主的大權，不能總拿出來而不收回，先前的教訓，是可以很好地借鑒呀。”又說“：朝廷用人，表面上顯示包容，而暗地里掩飾情跡，內定要任用得寵的人，而表面上故意突出他，讓他有機會表現，聽到和看到的雖然很好，實際沒什么可以使天下人心服的。先前改變風俗，元氣已被挽回了。近年想求得清靜，十分厭惡人們進言，于是大臣奏事，不是觀望就是迎合，不是徘徊就是退避，而當面和陛下爭辯的風氣不多了，這是掌權大臣的責任。”
柴中行兼任國史編修、實錄檢討。四月，天降大雨冰雹，雷電交加，邊境告急，以致失地喪師，淮甸震動。柴中行馬上奏明朝內外有二條失誤，朝廷有十條憂患，大概是：“今日的事，是因為君主把天下事都委托給一個宰相，這個宰相又把治理天下的策略只和幾個心腹商議，而滿朝官員只能相視以目，不敢進言。甚至邊境地區有什么請求，很久也不報上來，如果有什么失誤，誰來負責？”
柴中行被調為秘書監、崇政殿說書。他透徹地論述說“：往年把道學看作偽學的人，想把講求道學的人流放到遠方，堵塞言路，使忠義的人閉口不言，天下的風氣怎能再被破壞成這樣呢？”又說“：要想獲得人心，不如除去貪吏；要想除去貪吏，不如使朝廷清明。大臣守法則小臣廉潔，身居高位的人以身作則，那么州縣小吏憑什么敢胡作非為？”又論說治理內政和外患，分辨君子和小人，大概是：執政、侍從、臺諫、給舍的選用，和任命三衙、京尹，都是朝廷的大事，因此選用的人一定是君主親自提拔的，這樣大權不交給臣下。現在或是私謁，或是請見，或是在幾個月之前就先定下來，或者是滿朝官員不認識。附會的人被任用，爭相做婦人做的事，對天下國家的利害安危，不只自己不敢說，而且也不許別人說。大臣被附會的邪說所貽誤，邊境守臣中真正逃跑的被他們遮掩而認為是受到誣陷，真正怯懦的被他們贊揚成是勇敢，金帛堆在陛下面前，是非混淆，來欺騙國家，欺騙陛下。希望明確詔告大臣，去掉私心，開誠布公。”
柴中行升為秘閣修撰、贛州知州。他治盜有方，贛州地區很清靜。他請求辭官回家祭祀，得到允許，因言論被罷官。理宗即位后，柴中行以右文殿修撰的身份主管南京鴻慶宮，理宗賜給他金帶。柴中行去世。柴中行著有《易系集傳》、《書集傳》、《詩講義》、《論語童蒙說》。
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