中進士甲科。跟隨司馬光編修《資治通鑒》，在洛陽十五年，不事職位的升遷。書修成，司馬光推薦他任秘書省正字。當時王安石當權，尤其愛重他。王安國與祖禹友善，曾告訴王安石看重他的意思，祖禹終沒有前去拜見。富弼致仕后居住在洛陽，向來嚴肅剛毅，杜門很少與人交接，惟獨厚待祖禹；病情加重，召見祖禹授以密疏，大致是議論王安石誤國以及新法的危害，言辭極為憤慨中肯。富弼去世，人們都認為不可以上奏，祖禹最終上奏了此事。
神宗去世，祖禹上疏論喪服之制說：“先王制作禮儀，君服與父服相同，都是穿斬衰朝服，服期三年，大概是擔心為人臣者不以父事其君。自從漢代以來，不只是人臣不按喪禮規定穿戴喪服，人君也不守三年之喪。國朝自祖宗以來，外廷雖然采用易月的制度，宮中實行三年喪服制。君主喪服如古代，但臣下還是依照漢代制度，所以十二天而為周年祭，一個月而又為周年祭，二十四天而為三年滿，二個月又為三年滿。既以日為之，又以月為之，這于禮制無所依據。古代二年而三年滿，隔月而脫下孝服。礻覃，是除喪服的祭名，不是喪服的種類。現在卻為之穿淺色喪服三天后脫下，這是不遵守成規定法的禮制。喪服既除，到葬禮時又穿上，附祭于先廟后即是吉祥，僅僅八個月而就純粹吉祥，無所不佩帶，這又是禮制之沒有浸潤。每月的初一、十五，大臣們穿著上朝的衣服來到殯宮，這是以吉服臨喪；人主穿喪服在上，這是以先帝的喪服作為人主的私喪，這二者都是禮制所不安的。”
哲宗即皇帝位，提拔祖禹為右正言。呂公著執政，祖禹因女婿的嫌疑辭謝，改為祠部員外郎，再次辭謝。被任命為著作佐郎，修《神宗實錄》檢討，升任著作郎兼侍講。
神宗已經二周年祭，祖禹向宣仁太后上疏說“：現在吉祥才開始，服御一新，奢侈節儉的端倪，都是由此開始。凡是可以蕩心悅目的，不應該比以前更厲害。皇帝圣性未定，見節儉則節儉，見奢侈則奢侈，所以訓導成德，舉止應該有制可依。現在聽說奉宸庫取珠寶，戶部使用黃金，其數量很多，恐怕無限度增加，希望在沒有發生之前予以制止。崇儉敦樸，輔養圣性，使目不視美色，耳不聽淫聲，不符合禮儀的不說，不符合禮儀的不動，那么學問日增，圣德日隆，這是國家無疆的福運。”按照過去的舊例，孝服脫下后應開樂置宴，祖禹認為因脫下孝服而開樂置宴，就像脫下孝服而慶賀，不是君子不得已而脫下孝服的意思，這不可以。
夏天暑熱暫時廢除講讀，祖禹說：“陛下今天學與不學，關系到今后國家的治亂興衰。如果好學，那么天下君子稱慕，希望立在朝廷，以正直之道事奉陛下，輔佐德業，而致于太平；如不學，那么小人都動心，致力于為邪說諂媚，用以竊取富貴。而且大凡人之增長學問，沒有不是在年少之時，現圣質日長，幾年之后，恐怕會沒有像今天這樣專心，私下替陛下可惜。”升任起居郎，又詔試中書舍人，都沒有接受。呂公著去世，召拜右諫議大夫。首先上疏論人主正心修身的要旨，請太皇太后每天以天下之勤勞、百姓之疾苦、大臣們的邪惡正直、政事的得失，開導皇帝之心，把這些明明白白存于心中，使今后眾說不能迷惑他，小人不能進用。
蔡確已經獲罪，祖禹說：“自從乾興年以來，不竄逐大臣六十多年，一旦實行，流傳四方，無不震驚聳動。蔡確離開相位已很久，朝廷中大多不是他的黨羽，間或有偏見異議的，如果一切都認為是依附蔡確而將他們除去，恐怕刑罰失中，而且人情不安。”
蔡京鎮守蜀州，祖禹說：“蔡京小有才能，不是正直之士。如果使他鎮守成都，他回來，當會讓他執掌朝政，不應推重助長。”當時執政大臣打算在新法舊法中有所創立。祖禹認為朝廷既然已察覺王安石新法是不對，只應恢復祖宗舊制，如果出于新舊之間，兩用而兼存之，那么紀綱會敗壞。升任給事中。
吳地發大水，詔令拿出百萬斛米、二十萬緡錢賑濟救災。諫官認為報告災情的人是妄言，請求加以驗證考實。祖禹封回其奏章，說：“國家根本，仰給于東南。現在一方赤子，呼天赴訴，開口向上要吃，以解脫朝夕之急。上奏災情即使稍有夸大，正當略而不問。如果稍加懲責，恐怕今后沒有人敢說話了。”
兼任國史院修撰，為禮部侍郎。論選擇監司守令說“：祖宗劃分天下為十八路，設置轉運使、提點刑獄，收鄉長、鎮將的權力全歸于縣，收縣的權力歸于州，州的權力歸于監司，監司的權力歸于朝廷。上下相維，輕重互相制約，建置的方法，最為適宜。付給監司一路，付給守臣一州，付給令宰一縣，都是與天子分土而治，這難道不可以選擇嗎？祖宗曾有考課制度，專門察訪各路監司，置簿書在中書，以稽考其大要。現應委托吏部尚書，取應為知州的，分條別列功績情況上報三省，三省召見考察，如果其人可以任用，就按次序列表任用。到任，就令監司考核他的課績，一年之后，可以比較優劣而進行進退升降。這樣就得人必多，監司、郡守得人，縣令沒有才能，不是所要擔心的。”
聽說宮中尋找奶媽，祖禹認為皇帝已十四歲，不是近女色的時候，上疏規勸進德愛身，又請求宣仁太后保護皇帝的身體，言辭極為懇切。不久宣仁太后諭示祖禹，認為外面的議論都是虛傳，祖禹又上疏說：“我說皇帝進德愛身，應常常以此為戒。太后保護皇帝的身體，也希望因此不要忘記。現外面議論雖然是虛傳，也足以為預先之戒。我侍奉于左右，有道聽途說，實在懷著個人憂慮，因此不敢避妄言之罪。凡是事情在沒發生之前說出來，則誠然為過失，等到事情發生后，則又來不及，言之有什么益處？陛下寧可接受事情沒有發生之前的進言，不要使我們有來不及的后悔。”被授予翰林學士，因叔父范百祿在中書省，改任侍講學士。范百祿離開中書省，祖禹重新任翰林學士。范氏從范鎮到祖禹，連續三世位居禁林，士論認為榮耀羨慕。
宣仁太后去世，中外議論紛紛，人人懷著觀望的心情，在職位的人害怕恐懼，沒人敢說話。祖禹擔心小人乘機危害政治，于是上奏說：“陛下剛總持各種政務，邀請會見大臣們，這是國家興替的根本，社稷安危的時機，百姓休戚的端倪，君子小人進退消長的時候，天命人心去就離合的時候，能不害怕嗎？太后對宗廟社稷有大功，對百姓有大德，九年之間，始終如一。然而小人們怨恨，也為數不少，必定將以太后改變先帝的政治、逐斥先帝的大臣為言，以從事挑撥離間，這不可以不覺察。太后順應天下人心，變而更化。既然改變熙寧新法，那么制定制度的人有罪當予退斥，至于將他們貶逐，那也是順應眾言。他們都是上辜負先帝，下辜負百姓，天下所仇恨而想要除去的人，太后貶逐他們，豈是單純因感情上的厭惡憎恨呢！只有辨別分析是非，深拒邪說，有以奸言迷惑眾人聽覺的，付之典刑，痛罰一人，以警告那些眾多的邪惡之徒，那么就安定無事了。這些人既誤了先帝，又想要貽誤陛下，天下大事，哪里還經得住小人再破壞呢？”起初，蘇軾約祖禹一同上奏章論列，諫書已經寫好，見到祖禹的奏疏，就附名同奏，說“：您的文章，是經世之文。”終不再拿出他的稿子。
祖禹又說“：陛下繼承六世遺留下來的功業，應該思考天下是祖宗的天下，人民是祖宗的人民，百官是祖宗的百官，公府倉庫是祖宗的公府倉庫。一言一動，就如同祖宗臨駕在上，質問在旁，那么可以長久享有天下人的擁護。太后以大公至正為心，廢除王安石、呂惠卿所制造的新法，而實行祖宗舊有的政治。因此社稷危急而恢復安定，人心離散而恢復合聚，乃至遼主也告誡他的臣下不要惹起事端說‘：南朝專門實行仁宗的政治了。’外夷的情況是這樣，中國的人心則可見一斑。太后日夜苦心勞力，替陛下立下了太平的基礎。希望陛下以靜守之，恭己以臨之，虛心以處之，那么大臣們的邪惡正直，萬事的對與錯，都在圣心中一目了然。小人之情專門為了私人自己，所以對公不利；專門為邪說，所以對正直不利；專門好動，所以對靜不利。希望陛下痛心疾首，作為刻骨銘心的教訓。”奏章多次呈上，沒有得到答復。
忽然有圣旨召見十多個內臣，祖禹說“：陛下親自處理政務以來，四海側耳細心靜聽，沒聽說陛下訪一賢臣，而所召見的乃先是內侍，天下人一定認為陛下寵愛近臣親信，希望陛下馬上賜令追回改正。”因而請求召對，說：“熙寧初年，王安石、呂惠卿制造新法，全變祖宗的政治，多引用小人以致誤國，功勛舊臣被排斥不用，忠心正直之士相繼被引用去遠地。又用兵開邊，結怨外夷，天下愁困貧苦，百姓流離遷徙。好在先帝覺悟，把他們兩人解職放逐，但所引用的眾多小人，已經布滿中外，不可以再除去。蔡確連續興起大獄，王韶開創攻占熙河，章開拓五溪，沈起擾亂交管，沈括、徐禧、俞充、種諤興起制造西部戰事，軍民死傷人數都不下二十萬。先帝臨朝哀悼后悔，認為朝廷不得不承擔這個罪責。及至吳居厚在東京實行鐵冶法，王子京在福建實行茶法，蹇周輔在江西實行鹽法，李稷、陸師閔在西川實行茶法、市易法，劉定在河北教保甲，百姓都愁痛哀怨，家家思亂。依賴陛下與太后起而挽救，天下百姓，好像解除了被人倒掛著的痛苦。只是向來所被斥退放逐的人，窺探等候事變，妄想陛下不認為修改法令制度是對的，如果這些人得以到陛下身邊，必定進呈奸言。萬一偏聽致信而又任用他們，我擔心國家從此衰頹，不再振興了。”又議論“：漢、唐滅亡，都是由于宦官。從熙寧、元豐年間，李憲、王中正、宋用臣等人當權總持兵權，權勢震灼。王中正兼任四路干辦官，口頭命令招募軍隊，州郡不敢違背，師徒受凍挨餓，死亡最多；李憲陳述再舉之策，導致永樂被擊破陷落；宋用臣興起土木工役，沒有時間休息，與商人爭微薄利潤，為國家聚集怨恨。這三人，即使是加以殺戮，不足以謝百姓。李憲雖已死去，但王中正、宋用臣還在，現召見內臣十人，而李憲、王中正的兒子都在其中。二人既然入朝，那么王中正、宋用臣必將又被任用，希望陛下考慮。”
當時繼承神宗所實行的新法的議論已興起，有以章為宰相的意思。祖禹極力說章不可以任用，沒被同意，于是請求外任。哲宗且打算大加任用祖禹，但內外阻止的人很多，就以他為龍圖閣學士知陜州。言官論祖禹修《神宗實錄》詆毀誣陷，又摘取他勸諫禁中雇請奶媽的事，連續貶逐為武安軍節度副使、昭州別駕，指定在永州、賀州居住，又移居賓州、化州而去世，終年五十八歲。
祖禹平常謙恭謹慎，不講別人的過錯。到遇到事情，則辨別是非，一點不隱瞞。在邇英殿守經據正，獻納尤多。曾講《尚書》至“內作色荒，外作禽荒”六句話，拱手再次朗讀，站著說“：希望陛下留意聽講。”皇帝再三點頭，才退下。每次當要侍講的前天晚上，必定端正衣服帽子，好像在皇帝的側邊，命子弟侍讀，預先研求講解的學說。開列古義，參考時事，語言簡練而且適當，沒有一句長話，義理明白，文采鮮艷成文。蘇軾稱他是講官第一。
祖禹曾進呈《唐鑒》十二卷，《帝學》八卷，《仁皇政典》六卷。而且《唐鑒》深明唐代三百年治亂，學者尊重他，目為“唐鑒公”。建炎二年(1128)，追復為龍圖閣學士。兒子范沖，紹興年中官至翰林侍讀學士，《儒林》有傳。
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