上元二年(761)，穆寧官至殿中侍御史、佐理鹽鐵轉運使。副元帥李光弼因軍餉供應不上，有人嫉恨穆寧，在李光弼面前誹謗他，李光弼便揚言要殺穆寧。穆寧徑直到徐州拜見李光弼，用關系國家安危的大道理開導他，毫不屈從。李光弼對他深為敬重，穆寧得以繼續任職。寶應(762～763)初，調為侍御史，擔任河南轉運租庸調鹽鐵副使等職。次年，升戶部員外郎。沒多久，加授兼御史中丞，擔任河南、江南轉運使。廣德(763～764)初，加授庫部郎中。這時黃河運輸不通，水運從漢水、沔水轉由商山抵達京師。朝廷選派鎮守夏口的官員，詔命穆寧為鄂州刺史、鄂岳沔都團練使及淮西鄂岳租庸鹽鐵沿江轉運使，賜佩金魚袋服紫衣。當時淮西節度使李忠臣貪贓暴虐不奉公守法，設置軍防哨卡向商賈收稅，又縱容兵士搶掠，以致路上幾乎行人斷絕。而一旦與穆寧隔淮水理政，畏懼穆寧的威名，便停止了這種盜寇的行徑。沔州別駕薛彥偉違犯圣旨獲罪，穆寧施以杖刑致其身亡，因而獲罪貶為虔州司馬，再貶為昭州平集縣尉。
大歷四年(769)，重新提升做監察御使，掌管淄青轉運留后事。隔了一年，改任檢校司封郎中、兼侍御史，掌管江西轉運留后事。次年，官拜檢校秘書少監、兼和州刺史，頗有政績。沒多久，又罷官。替代穆寧的人用天寶年間戶口簿核查現有戶籍，謊稱人口逃亡多，而將穆寧加罪貶為泉州司戶。穆寧之子贊，上訴鳴冤在宮門守候三年，皇上派御史復查，發現和州人口戶籍倍增，于是下詔召穆寧回朝授右諭德官職。穆寧為人剛毅不能奉迎權貴，執政大臣認為穆寧不依附自己，而且擔心他難以制約，所以讓他處在閑散的位置。穆寧默默不得志，說道：“時世不容我，我也不能順應時世，既然我不宜居官，那就激流勇退吧！”稱病辭官歸家，一連數十遍地懇請告退。這樣的情形有好幾次。親友們認為他身體尚強壯，但也一一到朝中告請。皇上停駕奉天，穆寧前往行宮謁見，皇上授他秘書少監。興元(784)初，改任右庶子。德宗返回京師，穆寧說：“可以實現我的愿望了。”于是稱病停職回到東都。貞元六年(790)，在秘書監任上辭職退休。
穆寧好學，善于教子，家道以嚴格著稱。侍奉孀居的胞姊以友悌聞名。靠著胸襟豁達使身心健康，從不依賴服藥。常常訓誡幾個兒子說：“我聽說君子侍奉雙親，以承順父母的心意最為重要，這只是正直之道而已。謹慎而不做諂諛之事，這才是我的志向。”貞元十年(794)十月去世，時年七十九。有四子：贊、質、員、賞。
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