知幾在長安多次升遷為左史，兼撰寫國史。升為鳳閣舍人，依舊著史。景龍初年(707)，再轉為太子中允，仍然著國史。當時侍中韋巨源和紀處訥、中書令楊再思、兵部尚書宗楚客、中書侍郎蕭至忠一起監修國史，知幾認為監修的人太多，實在是撰史的弊病，肖至忠又曾經指責知幾著述沒有一定的標準，知幾于是上書給至忠，請求罷免史任。
至忠憐惜知幾的才學，不同意解除史任。宗楚客嫉妒知幾的正直，對各位史官說“：此人著書如此這般，想置我于何地？”
當時知幾又著《史通子》二十卷，充分闡述史策的體裁。太子右庶子徐堅非常看重這本書，曾經說：“任史職的人，應該將此書放置座右?！敝獛鬃载撌凡?，常常慨嘆時代無知己，于是將國史委托給著作郎吳兢，自己另外撰寫《劉氏家史》十五卷、《譜考》三卷。推究漢氏為陸終的后代，不是堯的后代。彭城、叢亭里諸劉，是宣帝的兒子楚孝王器的曾孫司徒居巢侯劉愷的后代，不是接續楚元王交。都考察明白，糾正了前代的錯誤，雖然被一般人所譏諷，但學者佩服他的博學。起初，知幾經常說如果得以受封，一定用居巢作為名字，用來接續司徒家族；后來因修《則天實錄》有功，果然被封為居巢縣子。又鄉人因為知幾兄弟六人考取進士，文章學問著名，改他們所在的鄉里名為高陽鄉居巢里。
景云中(709)，知幾多次升太子左庶子，兼崇文館學士，仍舊修國史，加封銀青光祿大夫。當時玄宗在東宮，知幾因姓名音讀類似皇上的名字，于是改名為子玄。第二年，皇太子準備親自定位于國學，有司起草禮節記載，使隨從臣子都乘馬著衣戴帽，子玄進言(略)。
皇太子手令付外公開執行，仍然編入命令，定為常規。
開元初年(713)，子玄升為左散騎常侍，修史依舊。九年(721)，長子貺為太樂令，觸犯刑律被發配流放。子玄命令主持政事者訴說道理，皇上知道了非常生氣，于是降子玄為安州都督。子玄主管國史，前前后后二十多年，撰述很多，頗為當時人所稱道。禮部尚書鄭惟忠曾經問子玄“：自古以來，文士多而史才少，為什么？”子玄回答說“：史才必須具備三個長處，世上沒有這樣的人，所以史才少。三個長處：稱之為才、學、識。有學而無才，也就如有良田萬頃，黃金滿鬭，卻讓愚蠢的人經營，最終不能成為經商的人。如果有才而無學，就好比想著木料石頭，像公輸一樣能干，但家中沒有木便木冉斧斤，最終不能成為建造宮室的人。史才還要應是正直，善惡都寫，使驕主賊臣，因此知道害怕，這就如虎添翼，善無可加，所向無敵了。如果沒有這些才能，不能擔任史任。自古以來，能符合這些條件的人很少見?！碑敃r人們認為這是聰明之言。子玄到安州，沒有幾年就去世了，享年六十一歲。子玄自小到老，著述作文從不倦怠，朝拜皇上時有論著，一定被授官職。子玄準備撰寫《三教珠莫》、《文館詞林》、《姓族系錄》，闡述《孝經》不是鄭玄注釋、《老子》不是河上公注釋，撰寫《唐書實錄》，有文集三十卷。數年后，玄宗下令河南府有學識者寫《史通》進獻，玄宗讀了認為子玄的著述很好，追封子玄為汲郡太守，后又追封工部尚書，謚號文。
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