蒙古軍攻下汴梁，汴梁的太常樂(lè)師流落于東平。當(dāng)時(shí)，祭祀樂(lè)章殘缺不全，只存《登歌》一章。世祖為太子時(shí)，曾召樂(lè)師至日月山演奏。這時(shí)，徐世隆向皇帝建議，增設(shè)宮縣及文、武二舞，以備舉行大典時(shí)演奏。于是，朝廷詔令徐世隆為太常卿，以孔孫為奉禮郎，監(jiān)督樂(lè)師制成樂(lè)曲，獻(xiàn)給朝廷。廉希憲主管中書省，召孔孫為屬官。安童為相，更加器重孔孫，授戶部員外郎之職，出任南京總管府判官。
朝廷計(jì)劃攻下襄陽(yáng)，急需兵源，孔孫提出“：今越境走私而判罪的人，動(dòng)輒數(shù)以千計(jì)，最好給他們一條生路，即讓他在戰(zhàn)場(chǎng)上效力，贖其死罪。”這意見被朝廷采納了。孔孫因任僉四川道提刑按察司事，不久升為湖北道提刑按察副使。他巡視巴陵時(shí)，有囚犯三百人將處死刑，經(jīng)了解，這些人是因?yàn)閷?duì)龔乙提出開銀礦一事不滿，挖了龔家的墳塋，燒了龔家房屋，燒死三人，官府認(rèn)為他們是圖財(cái)害命。孔孫認(rèn)為這些人犯法有其特殊原因，減了他們的罪。后調(diào)任浙西提刑按察副使，又改任同知保定路總管府事，不久拜為侍御史，主持行御史臺(tái)事。
至元二十二年(1285)，安童再次為相，向皇帝陳奏道：“阿合馬專政十年，其親戚、朋友和迎合他的人，往往很快升官，占據(jù)重要位置，只有劉宣與張孔孫二人安守舊職，始終如一。”于是任命劉宣為吏部尚書，孔孫為禮部侍郎。不久，升孔孫為禮部尚書，又升為燕南提刑按察使。二十八年，提刑按察司改為肅政廉訪司，仍以孔孫為肅政廉訪使，衙門設(shè)在大名府。他在燕南將所沒收贓款買粟五千斛，用來(lái)賑濟(jì)饑民。拜僉河南江北行中書省事；不久，任大名路總管兼大名知府。他在大名大興學(xué)校。該地有人將舊河堤土地三百余里獻(xiàn)于太后，孔孫知道后立即上書，請(qǐng)求將這些土地全歸還給百姓，得到批準(zhǔn)。升淮東道肅政廉訪司使。該地鹽場(chǎng)鹽民尹執(zhí)中兄弟被人誣告為強(qiáng)盜，孔孫審理清楚后，為此兄弟二人平反。召還朝拜集賢大學(xué)士、中奉大夫，商議中書省事。丞相完澤去世，孔孫與陳天祥上書舉薦和禮霍孫為相。
這時(shí)發(fā)生了地震，皇帝下詔，征求消災(zāi)之道。孔孫進(jìn)呈八條意見，大意是：蠻夷諸國(guó)，不可派兵去遠(yuǎn)征；已被罷職的無(wú)用官員，不可重新起用；賞善罰惡，不可多次赦免；凡獻(xiàn)賣寶貨者，一律禁絕；供奉佛祖只是白白耗費(fèi)錢財(cái)，應(yīng)制止；禁止奢侈，要上下一切從儉；裁汰多余的無(wú)事可做的官吏；要按時(shí)祭祀太廟。皇帝認(rèn)為這些意見都很好，賜鈔五千貫以示獎(jiǎng)勵(lì)。他又建議：“凡七十退休官員，應(yīng)加官一級(jí)；守喪期滿的官員，應(yīng)加起用；宿衛(wèi)軍中有冒名者，應(yīng)當(dāng)開除；州郡官吏應(yīng)選擇任用，在某一地方任久的達(dá)魯花赤，應(yīng)適當(dāng)?shù)剞D(zhuǎn)至別地；增加官吏俸祿；修建京師廟學(xué)，設(shè)國(guó)子生徒，對(duì)于曲阜孔廟的灑掃戶給予賞賜；相位應(yīng)參用儒臣，不可一律只用文官；已故宰相安童、伯顏、和禮霍孫與廉希憲等，應(yīng)各贈(zèng)謚號(hào)。”其后，孔孫告老還家，朝廷拜他為翰林學(xué)士承旨、資善大夫，退休后仍為集賢大學(xué)士。大德十一年(1307)卒，享年七十五歲。
孔孫素來(lái)以文學(xué)著名，同時(shí)也很會(huì)彈琴，其畫工于山水竹石，尤精于騎射，可稱為全才。在朝中敢于直言，而且往往正確，為同朝人所佩服。
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