起初，呂祖謙受父蔭進入仕途，后來通過自己的努力考取進士，中的是博學宏詞科，遂調南外宗教，服母喪期間，呂祖謙住在明抬山上，由于他有名聲，所以許多名士、學子都前去向他求教、問學。不久，呂祖謙被授為太學博士，當時中都官在等待引見皇上、正式赴任前按規定補外，遂以添差官的身份教授嚴州，旋又被朝廷召為博士兼國史院編修官、實錄院檢討官。在任職期間，他曾建議皇帝留意圣學，并說：“要恢復大業，應當定規模，審方略。陛下方廣攬豪杰，共集事功，我愿精加考察，將政策方略擬定好，并分清主次，排定先后，使那些僥幸之言無立足之地，然后與一、二位大臣商定后分別奏呈皇上，頒布實行。這樣一來，就可伸大義，復大業了。”
呂祖謙被召試館職。召試前，許多人到學士院打聽題目，獨呂祖謙不以為然。但召試結果，呂祖謙的章特別典雅優美。呂祖謙曾經讀過陸九淵的文章，且非常喜歡，但并不認識這位后生，在負責禮部考試的時候，呂祖謙閱鑒一份答卷后說“：這肯定是江西小陸的文章。”揭開彌封一看，果如其言。人們因此都贊嘆呂祖謙有精湛的鑒別才能。父親死后，免喪，主管臺州崇道觀。
過了三年，呂祖謙外任秘書郎、國史院編修官、實錄院檢討官。因為修撰李燾的推薦，呂祖謙得以參與重修《徽宗實錄》的工作。書成后，品級又得以晉升。呂祖謙在接受皇帝咨詢時說：“治道體統，只有上下內外不相侵奪才可以安定。以往，陛下往往因不相信大臣而兼管大臣之職，大臣無事可做，只得做一些本來該屬下做的細務瑣事。這樣層層相因，至監司、守令莫不如此。都因自己的職權被上司侵奪而不能有效地命令部下。由此就產生這樣一個結果：豪猾之人玩弄官府，郡縣忽視省部，屬吏欺凌上司，賤人輕視權臣。這種現象在平常可能看不出它的弊端，一旦出現危急情況，由誰來行使指揮之權呢？如果說臣下權任太重，可能會產生私心私欲，那么陛下可以在經濟上加以控制，可以用臺諫之官加以彈劾，并且可以隨時派侍從加以探詢監視。如此，則即便有那種心術不正之人，他也不能專橫弄權。陛下又何必屈尊以代大臣之勞呢？人的關節脈絡如有阻塞就會生病，陛下雖然日理萬機，操勞不已，如果不注意這個問題，則勢必造成聲勢浸長，趨附浸多，過咎浸積的狀況。大臣一方面因懼怕為皇帝所責而隱瞞事實，一方面因怕輿論所指而相互推諉詆毀排斥。愿陛下虛心以求天下之士，抓住要點管好大政方針，不要因任人失誤而以為人多可疑，不要自認聰明過人就足以偏察于人，不要詳于小事而忘遠大之計，不要忽視近佞而忘了壅蔽的萌生。”
呂祖謙還說：“國朝治體，有些是比前代高明的，有些是前代所不具備的。比如說以寬大忠厚建立規模，以禮遜節義成就風俗，就是勝過前代的。因此，在經過了民族危難之后，駐守東南逾五十年，而沒有絲毫擔憂。但是，在文治可觀的喜人景象下面，卻又存在著武績未振的事實。名勝相望而方略未優，這在盛平之時業已顯現出隱憂。當初西夏元昊發難，范仲淹、韓琦是眾望所歸的人物，但最終仍沒有解除憂患，由此可以想見要成事建功是多么不容易。我認為，當今政治，對于那些前代未解決的問題，要激勵而振起。對于高于前代的東西，更要特別加以愛護和扶持。”
呂祖謙升著作郎后，因病請辭歸。這之前，書肆有書曰《圣宋文海》，孝宗命臨安府將此書校正后刊行。但學士周必大認為該書取舍不當，錯誤較多，恐難傳世，請委館職重新銓釋，以成一代之書。孝宗因而命呂祖謙負責這項工作。呂祖謙將此書斷自中興以前，崇雅黜浮，分門別類編為一百五十卷。書呈皇帝后，被賜名為《皇朝文鑒》。
呂祖謙受詔升直秘書閣。當時很重職名，不是有功之人不能升任，所以中書舍人陳揆不同意起草詔書。孝宗批旨說“：館閣之職，文史為先，祖謙所進之書，取舍精當，有益治道，因此特受朕之器重，應當馬上起草任命詔書。”陳揆不得已照辦。不久，呂祖謙主管沖佑觀。又過一年，升為著作郎兼國史院編修官。去世，終年四十五歲。謚號“成”。
呂祖謙承繼張載、二程之學，但能旁征博引。平生心平氣和，不標新立異，一時間，許多杰出人士皆對其心悅誠服。小時候，性情較為急躁，有一天，當談到孔子言“躬自厚而薄責于人”時，忽然覺得平時那種急躁之情渙然冰釋了。朱熹為此曾說：“如果能像呂祖謙那樣學習，就能改變自己的氣質之性。”呂祖謙主張學以致用，反對空談性理，患病后，其任重道遠之意不衰。其居家之政，可成為后世楷模。他修《讀詩記》、《大事記》，皆未成書。但他考定《古周易》、《書說》、《閫范》、《官箴》、《辨志錄》、《歐陽公本末》，皆行于世。呂祖謙晚年會友之地曰“麗澤書院”，在金華城中。去世后，郡人于此為他建了祠堂。呂祖謙有子名延年。
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