陳仲微改任海鹽縣丞。鄰邑有疑問的獄事訴訟已經十年，州郡守令命陳仲微去調查審理，一問就決斷此案。改為崇陽縣知縣，一直在縣署旁邊吃住，白天多與縣邑父老鄉親、打柴的等人相互你我相稱，故對民情了如指掌，小吏們自然不敢有任何違法行為。擔任黃州通判時，還兼任搜集軍餉之職，自己以身作則，隨事檢查，軍隊糧餉靠此毫無匱乏。制置使上書稱道他為這方面最好的表率。他推辭說：“這是自己的職責，哪里談得上是最好的表率呢？”又擔任江州通判，遷轉兼任干辦諸司審計事，任贛州知州，江西提點刑獄，因違逆丞相賈似道，監察御史舒有開上書罷免他。好久以后，又起用他擔任惠州知州，遷升太府寺臣，暫時兼理侍右郎官。上朝論對，說：“俸祿作為誘餌可以釣天下才能屬于中等的人，但不可能以此來收羅天下的豪杰；有名的船只可以運載天下的卑鄙之人，而不可以使天下的英雄沉淪下去。”賈似道大怒，又令監察官彈劾，罷奪他的官職。好久以后，才恢復職務。
當時，國家大勢很危急，陳仲微上封事論說，其中大致說：“因錯誤而導致襄陽失守的，是老將。襄陽失守的罪過不單純是在關隘不牢、疲勞的將帥、幼小的兵卒，度宗皇上、丞相應當為此分擔責任，以謝先皇帝理宗的在天之靈。度宗皇上假若說罪過在自己，大臣們表示其錯誤在我們，宣布十年積蓄力量，改正過錯，嚴懲六年中忽視敵人的罪行，糾正尚未昭彰的過失，本來沒有什么極限，追悔過去的失誤，還可以在迷途中清醒。有的說袒護的意思多，責備的言詞少；陛下缺乏那種悲壯哭師的誓言，師相潤飾承擔過錯的言論，這尤其不是撫慰憂恤死者的道義，祈求上天悔悟致禍的道理。往往代言的人缺乏知書識體的儒士，高等學館很少有有識之士，吃香喝辣，積惡習成痼疾，君道相業，各有不足的地方。而現在這個時候，在朝廷沒有能為國家籌謀的人才，在邊境沒有能夠指揮破敵的將帥。審察前朝北宋宣和年末變化之前，靖康已敗之后，凡是前日接近皇帝的大臣們，坐著漂亮的車子，俯首稱臣，奴顏婢膝，就像今天認賊做父、向賊稱臣的人。力量強、敏于事，辦事痛快合意的人，就是今天背叛皇上、出賣國家的人。為國家考慮的人哪能與這樣的人去相比呢？使國家大亂的人上奏騙人的話以逢迎皇上，依賴國家的人掩蓋著恥敗的局面而且不敢議論，主持國家事務的人不清楚安危的預兆而不知道悔過。我曾經考慮過，現在所缺乏的不只是兵。宮廷外面的事務，都由將軍管理，而一官半職，都出于其中，斗粟尺布，退有后憂，平素沒有權力，危急時卻有責任，有的請求建督，有的請求行邊，有的請求到京城，駭人聽聞。因諸將在危急之時推辭，故朝廷不得不在失敗后幫助遮掩缺點，有智謀的不能施展，打敗仗沒有被懲罰誅殺，上下包藏羞恥，閉口不敢議論。這是因為下至器仗甲馬，衰颯雜亂，不足以整肅軍容；壁壘寨堡柵欄，折樊駕漏，不足以抵擋沖撞的騎兵。號為將帥，名存實亡。建城無兵，以城給敵；士兵不知怎樣作戰，以致使將帥斷送給敵方；將帥不了解士卒，就會把國家葬送給敵方。這個時間是越來越臨近了。只有皇上、丞相翻然醒悟、改進，天下國家的事還有挽回的余地。轉敗為勝，在皇上、丞相的一念之間。”于是，授命陳仲微出任江東提點刑獄。
德元年(1275)，陳仲微遷任秘書監，不久，拜任右正言、左司諫、殿中侍御史。益王在海上即位，拜任吏部尚書、給事中。山兵敗以后，逃走安南。過了四年死了，時年七十二歲。
陳仲微的兒子陳文孫與安南王族人益稷出降元朝，為元朝軍隊南征充當向導。安南王憤怒，掘開陳仲微的墓墳，砍了他的棺材。
陳仲微天性誠實，雖生長富貴之家，然而卻粗衣淡飯，就像貧窮的人。所以能夠熟誦《六經》，精通理義致知之學，對于諸子百家、天文、地理、醫藥、卜筮、釋老佛教的學問，沒有不搜獵、學習的。
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